Η μελέτη της ζώντες οργανισμοί που κατοικούν το χώμα και οι διαδικασίες που που μεσολαβούν. Το χώμα είναι ένα σύνθετο περιβάλλον που αποικίζονται από μια τεράστια ποικιλία των μικροοργανισμών. Μικροβιολογία εδάφους επικεντρώνεται το χώμα ιοί, βακτήρια, οι ακτινομύκητες, μύκητες και πρωτόζωα, αλλά έχει παραδοσιακά επίσης περιλαμβάνονται έρευνες των ζώων όπως το νηματώδεις, ακάρεα και άλλα microarthropods χώμα. Αυτοί οι οργανισμοί, που συλλογικά αναφέρονται ως τα βιωτά χώμα, λειτουργία σε ένα belowground οικοσύστημα με βάση τις ρίζες των φυτών και των απορριμάτων ως πηγές τροφίμων.