Μια αλλαγή που γίνεται στα δεδομένα, σε κώδικα ή σε ένα αρχείο που πρέπει να υποστεί επεξεργασία, ή αποκρυπτογράφηση, πριν ένα σύστημα μπορέσει να το διαβάσει ή να έχει πρόσβαση. Οι ιοί μπορεί να χρησιμοποιούν κρυπτογράφηση για να κρύψουν τον ιογενή κώδικα τους σε μια προσπάθεια να διαφύγουν την ανίχνευση. Οι ιοί μπορούν επίσης να κρυπτογραφήσουν ή να αλλάξουν τον κωδικό ή τα δεδομένα σε ένα σύστημα, ως μέρος του ωφέλιμου φορτίου τους. Μία από τις πιο κοινές μορφές κρυπτογράφησης είναι η προστασία κωδικού πρόσβασης σε αρχεία ZIP (. Zip).