Μια προσέγγιση για την ανακάλυψη φαρμάκων. Περιοχές της αλληλεπίδρασης των πολλών μικρών μορίων με ένα μακρομόριο, π.χ. αντιβιοτικά αμινογλυκοσίδης με rRNA, είναι ταυτόχρονα ερωτάται από τα κράτη μέλη: στην προσθήκη σε κάθε μικρό μόριο μια ετικέτα από χαρακτηριστική μάζα, η οποία δεν επηρεάζει την σύνδεση με το μακρομόριο, κατευθύνει το κάθε συγκρότημα σε μια διαφορετική περιοχή του φάσματος μάζας. Ανάλυση των θραυσμάτων από tandem MS αποκαλύπτει η συγκεκριμένη περιοχή του το μακρομόριο που δεσμεύουν τα μικρά μόρια.