Ένα φυσιολογικά διαδραστικό σύστημα εντός του οποίου ανάπτυξη, προσαρμογή, σύνθεση ειδών, θρεπτικών, παραγωγικότητα και ενέργειας ροών μεταξύ των εσωτερικών υδρόβια μικροβιακών, φυτικών και ζωικών Κοινοτήτων ενσωματώνονται με το περιβάλλον. Αυτά τα εσωτερικά ύδατα περιλαμβάνουν λίμνες, δεξαμενές, ποτάμια, ρέματα, και υγροτόπων. Την πειθαρχία που ονομάζεται λιμνολογία αξιολογεί το πώς αυτές οι σχέσεις ρυθμίζουν, και ρυθμίζονται από, φυσικές και ανθρωπογενείς μεταβολές στα φυσικά, χημικά, και βιοτική περιβάλλοντα. Το μόνιμο νερό-(lentic) λίμνη ή οικοσυστήματος δεξαμενή συνδέεται στενά με τη γη της γύρω περιοχής αποστράγγισης, καθώς και με τα νερά που τρέχουν (lotic) που αλλάζουν χημικά συστατικά από τη γη, όπως μεταφέρονται στη λίμνη. Συχνά τη διεπαφή ξηράς-ύδατος υποστηρίζει παραγωγική υγροτόπων, δηλαδή τομείς της ρηχά νερά βρίσκονται συχνά στην άκρη των λιμνών (παράκτια ζώνη) ή κατά μήκος ποταμών (floodplain).