Μια μέθοδος χαρακτηρισμού από το μικροπεριβάλλον του ένα υπόλειμμα αμινοξέος μιας πρωτεΐνης, π.χ. τη διείσδυσή της σε διαλύτη ή την pK _ένα; άλλων υπολειμμάτων από το ίδιο αμινοξύ χρησιμεύσει ως εσωτερικοί έλεγχοι. Ποσοστά αντίδρασης ή αναλογίες της αντίδρασης σε σύγκριση με τον έλεγχο καταλοίπων παρατηρούνται; πολύ περιορισμένα ποσά των αντιδραστηρίων και τις εκτάσεις της αντίδρασης μεγιστοποιήσει τον ανταγωνισμό για το αντιδραστήριο μεταξύ παρόμοιες ομάδες στην πρωτεΐνη και να διασφαλίσει ότι μόνο χωρίς τροποποιήσεις πρωτεΐνη αντιδρά με το αντιδραστήριο.